根據國際上對益生菌菌株安全性評估的新進(jìn)展和我國對益生菌安全性評價(jià)的需求，針對新屬種的益生菌菌株的安全性評估，應基于全基因組測序生物信息分析，闡述待評價(jià)的益生菌菌株所攜帶的耐藥基因、致病性基因和環(huán)境抗性基因的特征，結合體外微生物學(xué)檢測和體內動(dòng)物毒理學(xué)評價(jià)，以及人群和臨床試驗的安全評價(jià)等作為關(guān)鍵標準，判斷菌株的安全性。

目前市場(chǎng)上的主流益生菌菌株主要分離自健康人體和具有長(cháng)期安全食用歷史的發(fā)酵食品，大多數菌株被認為無(wú)致病性的共生微生物。我國市場(chǎng)上使用的益生菌安全性已得到歐洲食品安全局、美國食品藥品監督管理局中國國家衛生健康委員會(huì )等權威機構的認可。益生菌產(chǎn)品應用于健康消費者是安全的。

我國基本形成了一套較為完善的益生菌標準法規體系。在使用菌種的選擇上，原衛生部2001年頒布《可用于保健食品的益生菌菌種名單》，2010年頒布《可用于食品的菌種名單》和2011年頒布《可用于嬰幼兒食品的菌種名單》。近幾年基于科學(xué)的基礎研究成果又通過(guò)批準文號、許可公告或者是主動(dòng)公布清單等形式發(fā)布可使用的菌種名錄。配合上述菌種在食品中的使用與監管。