1、維持正常腸道菌群和抑制病原菌

益生菌可以通過(guò)消耗代謝底物、搶占定殖位點(diǎn)，以及分泌抑菌活性物質(zhì)等方式來(lái)抑制病原菌，維持腸道菌群平衡。

2、改善和維持腸道功能

益生菌可促進(jìn)發(fā)酵產(chǎn)物SCFAs的產(chǎn)生和平衡，SCFAs對于維持腸道酸堿度和滲透壓以及縮短腸轉運時(shí)間等有重要作用，也是腸道上皮細胞能量的重要來(lái)源。

3、參與營(yíng)養和代謝

益生菌能夠合成多種維生素（如維生素K）、多種酶類(lèi)，以及促進(jìn)膽酸分解代謝和中和致癌物等，還可以通過(guò)影響腸道上皮細胞內分泌作用調節進(jìn)食和能量平衡等。

4、調節免疫系統功能、調節內分泌

益生菌通過(guò)與腸道的上皮細胞和淋巴細胞的相互作用，發(fā)揮免疫調節等作用；同時(shí)益生菌通過(guò)產(chǎn)生SCFAs等活性產(chǎn)物到達其他組織器官，發(fā)揮神經(jīng)內分泌調節作用。

益生菌也有可能從腸道轉移到其他器官和組織。有研究提示，女性生殖系統和母乳中的菌群，可能來(lái)自腸道，但這方面還缺乏確切證據。